「益山弥勒寺址発掘調査団」を母体にする国立扶余文化遺産研究所は、百済文化圏の主な文化遺跡に関する学術調査を行い、研究機能を強化するため、1990年５月９日に発足した。

同研究所は扶余•公州•益山などに散在する都城や寺院など、百済の主な遺跡に関する学術発掘調査を毎年実施し、調査によって得た資料に基づき、百済都城の復元研究、泗沘期の遺物研究、百済の文化遺産の国際性研究などを行っている。また、出土した遺物を体系的に保管・管理し、迅速に展示を行うことにより、調査成果を一般公開している。

このような調査研究により、記録に残っていない祖先の生きた証を明らかにし、それを国民に紹介することで伝統文化遺産を継承し、発展させるのに役立てるよう努めている。