成立目的
国立扶余文化遗产研究所以“益山弥勒寺遗址发掘调查团”为母体，成立于1990 年5月9日。 成立目的在于，增强对百济文化圈地区主要文化遗址的学术调查与研究活动。
国立扶余文化遗产研究所正以1年为单位对分布于扶余•公州•益山等都城和寺院等百济主 要遗址实施学术发掘调查，以此为基础，对百济都城的复原、泗泌期文物、百济文化遗产 的国际性实施研究。同时，通过对出土文物实施系统性保存管理及展示，向普通居民公开 调查成果。
国立扶余文化遗产研究所通过上述调查和研究活动，表明无文献记录的祖先的生活面貌， 传承并发展过去祖先们遗留下来的文化遗产。
百济文化圈遗址学术调查
对重要寺院与历史遗址实施重点学术调查，对被列入国家保护史 迹中的遗址实施调查，以便整修与复原，并实施指定为史迹遗址 所需的事前调查。
百济文化遗产重点研究
其目的在于，整理对文化遗址的学术调查、出土文物的保存处理等实施的调查•研究成果，对不同主题 实施深层次的分析及研究，与其他研究人员分享专业知识。
出土文物的保存处理
本研究所在成立以来一直对百济文化圈内主要文化遗址实施了发掘调查，发现了各种材质文物。为此， 在1995年设立保存科学室，对出土文物实施应急保存处理和科学研究；于2001年，设立木材文物处理 室，对木材文物实施科学保存处理；于2006年，装置含浸设备，处理大型水浸木材文物。
