국립경주문화재연구소는 1973년 신라권 문화유적 조사를 위해 설립된 경주미추왕릉지구발굴조사단과 경주고적발굴조사단(1975년 설립)의 업무를 인계받아 보다 체계적이고 종합적인 문화유산 조사 · 연구를 위하여 1990년 1월 3일 설립되었다.

주요임무는 관할구역(대구·경북 전지역) 소재 문화유적의 학술발굴조사 및 긴급조사와 문화유산 전반의 보존·관리이며 연구소 발간 자료 및 유물열람을 통해 관련연구자에게 학술자료를 제공함은 물론 월성 숭문대 전시, 쪽샘유적발굴관, 천존고, 국립경주문화재연구소 SNS 등을 통해 국민과 소통하고 있다.

특히 동궁과 월지, 월성, 쪽샘, 황룡사지의 학술발굴조사를 통해 신라 왕경 및 왕성, 신라의 고분과 사찰 등 신라문화권 유적 연구의 기반을 확립하고 나아가 융복합 연구의 다각화를 통해 신라문화를 복원하고자 노력하고 있다.

또한, 매장유산 보존을 위한 긴급발굴조사와 문화유적 지표조사, 매장유산 발굴조사현장 점검 등을 수행하고 있으며 아울러 문화유산의 보존․관리를 위하여 출토유물의 과학적 보존처리와 국가귀속유물 및 학술자료를 관리하고 있다.