국립가야문화재연구소는 경남, 부산, 울산지역에 산재해 있는 가야문화권역의 문화유산의 보존과 지방문화의 균형발전을 도모하고, 특히 문헌자료 부족으로 그간 학술조사 연구가 부진하였던 가야의 역사와 문화를 올바르게 밝히기 위하여 1990년 1월 3일 문화체육부 발족과 함께 설립된 문화재청 산하 연구기관입니다.

1990년 문화재청 국립문화재연구소 소속기관으로 설립되어 경상남도 · 부산광역시 · 울산광역시의 문화유산 발굴조사 및 연구, 출토유물의 보존 및 관리, 문화유산연구 조사보고서의 발간 등 을 담당해 왔습니다. 2007년 국립문화재연구소가 책임운영기관으로 전환됨에 따라 가야문화권 문화유산의 보존과 지역문화의 균형발전을 도모하기 위해 노력하고 있습니다.